Während der Arbeit an TortoiseSVN war es jedes Mal sehr lästig, wenn jemand uns Patches mit Fehlerkorrekturen oder Erweiterungen zugeschickt hat, diese Patches auch einzubinden. Denn es gab bis dahin nur ein Kommandozeilenprogramm namens patch.exe, erhältlich bei http://unxutils.sourceforge.net/, welches solche Dateien zu einem Projekt hinzufügen konnte. Die Durchsicht solcher Änderungen war daher aufwendig und schwierig, insbesondere wenn die Patchdatei schon veraltet war.
Das war auch der Hauptgrund, weshalb TortoiseSVN keinen Befehl "Erstelle Patch" implementiert hatte: wir wollten lieber die ganzen Dateien von den Anwendern haben, statt der Patchdateien, weil es für uns einfacher war Änderungen auf diese Weise zum Projekt hinzuzufügen.
Also haben wir viel Zeit damit verbracht, das Internet nach einem guten grafischen Tool abzusuchen welches Patchdateien zu Projekten hinzufügen konnte. Aber alles was wir fanden war, dass ein solches Programm nicht existierte. Um eine lange Geschichte zu einem Ende zu bringen: wir haben dann beschlossen, dass wenn niemand anders ein solches Tool anbietet, wir eben selbst eines schreiben müssen. So entstand TortoiseMerge.
Da TortoiseSVN schon die Subversion Bibliothek benutzt welche gute Vergleichsfunktionen enthält, war es nur natürlich, dieselbe Funktionsbibliothek anstelle von GNU Diff für TortoiseMerge zu nutzen.