Cuando inicia TortoiseMerge sin ningún argumento en la línea de comandos tendrá que abrir los ficheros manualmente, utilizando → .
Lo primero que tiene que hacer es decidir si sólo quiere comparar/fusionar ficheros, o si quiere aplicar un fichero de parche. Dependiendo de su elección, se activan las casillas de texto y los botones de navegación correspondientes.
Si quiere comparar/fusionar ficheros necesita establecer al menos dos de las tres posibles rutas para Base, Mío and De otros. Si sólo selecciona dos ficheros, TortoiseMerge le mostrará las diferencias entre esos dos ficheros, en dos paneles o en un único panel.
Si quiere comparar/fusionar tres ficheros, TortoiseMerge le mostrará las diferencias en una vista de tres paneles. Esta vista se utiliza normalmente si necesita resolver ficheros en conflicto. El fichero de salida no se nombra en este caso y tendrá que utilizar → para guardar el resultado.
Si desea aplicar un fichero de parche, tiene que especificar tanto la ruta al fichero de parche en si mismo como la ruta a la carpeta donde debe aplicarse el fichero de parche.
Actualmente, sólo se admiten ficheros de parche en el Formato de Diff Unificado. Y sólo los ficheros que se hayan generado desde una copia de trabajo de Subversion. ¡No se admiten actualmente otros formatos como los ficheros de parche generados por CVS!