TortoiseMerge tidak hanya memperlihatkan kepada Anda perbedaan di antara file tetapi juga membolehkan Anda menyelesaikan konflik atau menerapkan perubahan.

Jika Anda dalam tampilan dua pane, maka Anda hanya bisa mengedit file dalam pane kanan (Saya). Untuk menerapkan perubahan yang dibuat dalam file kiri (Mereka), klik-kanan pada baris yang diubah dan pilih Menu Konteks → Gunakan blok teks dari “mereka”. Maka perubahan dari file kiri ditambahkan ke file kanan.

Terkadang Anda sebenarnya ingin kedua blok teks, dan menu kontekstual juga menawarkan kepada Anda Menu Konteks → Gunakan kedua blok teks (yang ini terlebih dahulu) dan Menu Konteks → Gunakan kedua blok teks (yang ini terkemudian).

Anda juga dapat mengedit file output sebagaimana dalam text editor. Baris-baris tersebut ditandai dengan ikon pensil. Mohon diingat bahwa jika anda ingin mengubah baris-baris/merubah berdasarkan blok seperti di atas, lebih baik untuk melakukannya tersebut karena jika anda mulai mengedit file tersebut sendiri TortoiseMerge tidak lagi dapat memantau hubungan file tersebut dengan file aslinya.

Jika Anda dalam tampilan tiga pane (kadang kala disebut tampilan gabungan) Anda hanya bisa mengedit file dalam tampilan bawah (Digabung). Seperti dalam tampilan dua pane, Anda bisa mengklik-kanan pada baris yang konflik dan memilih Menu Konteks → Gunakan blok teks dari “mereka” atau Menu Konteks → Gunakan blok teks dari “saya”. Sebagai tambahan, jika Anda menginginkan kedua blok, Anda bisa memilih Menu Konteks → Gunakan blok teks dari “saya” sebelum “mereka” atau Menu Konteks → Gunakan blok teks dari “mereka” sebelum “saya”. Tergantung pada perintah yang telah Anda pilih, perubahan digunakan dalam hasil file Digabung.

Kadang-kadang berkas tersebut akan ditandai sebagai berkonflik dalam Subversion, namun ketika Anda membacanya menggunakan TortoiseMerge tidak ada konflik yang ditampilkan. Hal ini mungkin disebabkan oleh spasi-putih penanganan yang telah Anda pilih. Jika Anda memilih untuk mengabaikan baris-akhiran atau perubahan spasi-putih, baris tersebut akan ditandai dengan menggunakan ikon Konflik-Diabaikan. Untuk mengatasi konflik Anda masih perlu untuk memilih versi yang Anda ingin gunakan.

Kadang-kadang konflik terlalu sulit untuk diselesaikan hanya dengan mengambil Theirs dan Mine dan memerlukan pengeditan tangan. TortoiseMerge membolehkan Anda untuk melakukan semua perubahan yang mudah secara visual terlebih dulu dan menyimpan file, membiarkan hanya perubahan yang sulit untuk diselesaikan dengan pengeditan manual.