TortoiseMerge geeft niet alleen weer de verschillen tussen de bestanden maar ook mogelijke conflicten die je kan verhelpen.

In de weergave met twee vensters, kan alleen in het bestand in het rechter bewerkt worden (<liteal>Mijn). Om wijzigingen in het linker bestand (Hun) te gebruiken, klik met rechter muisknop op de gewijzigde regels en selecteer Context MenuGebruik dit tekstegedeelte. De wijzigingen van het linker bestand worden dan in het rechter bestand toegepast.</liteal>

Soms wil je beide blokken gebruiken, het context menu geeft dan de optie Context Menu → Gebruik beide tekstgedeeltes (deze eerst) en Context Menu → Gebruik beide tekstgedeeltes (deze laatst).

Het is ook mogelijk om het bestand in het rechter venster te bewerken zoals in een gewone tekstverwerker. Deze regels worden aangegeven met een potlood icoon. Hou er rekening mee dat het verstandig is om eerst de regel/blok wijzigingen, zoals boven omschreven, doorvoert. Als je aan je eigen bestand begint te bewerken wordt het voor TortoiseMerge onmogelijk om de relaties met de originele bestanden bij te houden.

In de weergave met drie vensters (soms aangegeven als samenvoeg weergave) is het alleen mogelijk om het bestand in het onderste venster te bewerken (Samengevoegd). In de weergave met twee vensters, kun je klik met rechter muisknop op de conflicterende regels en selecteer Context Menu → Gebruik dit tekstgedeelte of Context Menu → Gebruik ander tekstgedeelte. Bovendien, als je beide blokken wilt gebruiken, kun je Context Menu → Gebruik beide tekstgedeeltes (deze eerst) of Context Menu → Gebruik beide tekstgedeeltes (deze laatst). Afhankelijk van het commando dat je hebt gebruiken, worden de resultaten gebruikt in het Samengevoegde bestand.

Soms wordt een bestand in Subversion aangegeven als conflicterend, maar als de bestanden worden bekeken met TortoiseMerge zijn er geen conflicten te vinden. Dit heeft te maken met de spatie en witregel instellingen. Als er gekozen is voor “Negeer wijzigingen in spaties en lege regels”, dan worden deze regels weergegeven met het Conflict-genegeerd icoon. Om het conflict op te lossen, moet de gewenste versie gekozen worden.

Soms is een conflict te complex om op te lossen door middel van het selecteren van Theirs en Mine, en is handwerk nodig. Met TortoiseMerge is het mogelijk om de eenvoudige wijzigingen eerst visueel op te lossen en deze dan op te slaan, waarna de overgebleven lastigste wijzigingen handmatig opgelost kunnen worden.