TortoiseMerge nielen zobrazuje rozdiely medzi súbormi, ale umožňuje aj riešenie konfliktov a aplikovanie zmien.
Keď ste v dvoj-panelovom zobrazení, môžete upravovať len súbor v pravom panely (Moje). Na použitie zmien z ľavého súboru (ich) použite pravý klik na zmenených riadkoch a vyberte → . Potom sú zmeny z ľavého súboru pridané do súboru napravo.
Niekedy prosto chcete oba bloky textov, kontextové menu vám túto možnosť dáva. → a → .
Výstupný súbor môžete upravovať ako v textovom editore. Takéto riadky sú označené obrázkom ceruzky. Poznamenávame, že ak chcete robiť riadkové/blokové zmeny, ako je popísané vyššie, je lepšie vykonať tieto zmeny najprv, pretože keď začnete upravovať súbor už TortoiseMerge nebude schopný sledovať zmeny na určenie vzťahu k pôvodným súborom.
Keď ste v troj-panelovom zobrazení (niekdy nazývanom pohľad zlučovania) môžete upravovať iba súbor na spodku pohľadu(Zlúčené). Tak ako pri dvoj-panelovom zobrazení môžete right-click na konfliktné riadky a vybrať buď → alebo → . Keď chcete použiť oba bloky,môžete vybrať → , alebo → . Podľa príkazu, ktorý ste vybrali, sú zmeny použité vo výslednom súbore: Zlúčené.
Niekedy je súbor označený ako konfliktný, ale keď ho otvoríte v TortoiseMerge nie sú tam zobrazené žiadne konflikty. Toto môže byť spôsobené spôsobom spracovania bielych znakov, ktoré ste si vybrali. Ak si vyberiete ignorovanie zmien koncov riadkov, alebo bielych znakov, tieto riadky budú označené použitím ikonky Conflict-Ignored. Na vyriešenie konfliktu je stále potrebné vybrať, ktorá verzia má byť použitá.
Niekedy je prílš ťažké vyriešiť konflikt jednoduchým vybratím Ich a Moje a potrebuje ručné úpravy. TortoiseMerge umožňuje vykonať všetky ľahko vykonateľné zmeny vizuálne a potom uložiť súbor a zanechať iba ťažko riešiteľné zmeny na ručnú úpravu.
Poznámka: keď použijete TortoiseMerge znova na tých istých súboroch, všetky zmeny vašej pracovnej kópií budú zničené, či už boli urobené v TortoiseMerge, alebo ručne. Súbor bude v takom stave ako keď sa začalo súpravou konfliktov.