TortoiseMerge 可以通过命令行选项指定参数运行，而不必非通过打开对话框来选择文件。这便于其它程序调用 TortoiseMerge。
多数选项需要路径及其它信息。这种情况下，选项后用“:”跟一个字符串或路径。例如：
/base:"c:\folder\my base file.txt"
表 B.1. 命令行选项列表
| 命令 | 描述 |
|---|---|
| /? | 弹出一个显示常用命令行参数的对话框。 |
| /help | 同 ? 一样。 |
| /base | 指定三路比较的文件 基础版本文件。这是所有参与比较文件的祖先，尽管它不在单独的窗口显示。对于两路比较，它是左边的文件。 |
| /basename | 基础版本文件名称。它代替文件路径在窗口标题栏显示。在三窗口方式时，它出现在窗口标题的提示中。 |
| /theirs | 指定用于三窗口方式的 他人的文件，显示在左窗口。 |
| /theirsname | 他人的文件名称。代替文件路径在窗口标题栏显示。 |
| /mine | 指定用于三窗口方式的 我的文件，它显示在右窗口。对于双面板方式，是指右边的文件。 |
| /minename | 我的文件名称。代替文件路径在窗口标题栏显示。 |
| /merged | 指定用于三路合并的结果文件 合并后的文件。它是保存合并/解决冲突的结果的文件路径。如果没有指定，TortoiseMerge 将询问用户保存结果的路径。 |
| /mergedname | 合并结果的文件名称。显示在窗口标题显示路径的地方。 |
| /patchpath | 使用补丁文件的路径。如果你不设置此路径，TortoiseMerge 将自己查找匹配补丁文件的路径，但会花费很长时间。 |
| /patchoriginal | 对应补丁的原始文件。用于窗口标题。 |
| /patchpatched | 对应补丁的文件名称。用于窗口标题。 |
| /diff | 将要应用补丁的目录 |
| /oneway | 强制 TortoiseMerge 以单窗口视图启动，忽略用户的配置。 |
| /reversedpatch | 左右交换两个需要比较差异的文件。 |
| /createunifieddiff | 为指定的两个文件 /origfile:"path_to_original_file" 和 /modifiedfile:"path_to_modified_file" 创建统一差异文件(补丁文件)。目标路径设置为 /outfile:"path_to_resulting_patchfile"。如果没有设置 /outfile，会显示文件保存对话框，从而用户可以选择保存补丁文件的位置。注意：如果设置了 /createunifieddiff，所有其它参数都会被忽略。 |
| /line | 指定加载文件后调至行号 |
为了兼容其它差异比较程序，你也可以在命令行提供简单的文件名。这种简单命令行格式是
TortoiseMerge BaseFilePath MyFilePath [ TheirFilePath ]
如果给出两个文件，它们会互相比较。如果给出三个文件，那么第一个文件视为基础文件，其它两个文件采用三路比较算法。