Neglede na tip skladišča, ki ga uporabljate, je izjemno pomembno, da redno ustvarjate varnostne kopije in da jih tudi preverite. Če je s strežnikom kaj narobe, boste mogoče lahko dobili zadnjo verzijo datotek, vendar je brez skladišča zgodovina vaših datotek za vedno izgubljena.

Najbolj enostaven način (vendar ni priporočljiv) je, da mape in datoteke skladišča prekopirate na medij, ki ga uporabljate za varnostno shranjevanje. V tem primeru noben proces ne sme dostopati do podatkov v skladišču. Dostop pomeni kakršenkoli dostop. V skladišče tipa BDB se podatki zapisujejo tudi, ko operacija zahteva le branje, n. pr. pridobivanje stanja. Če se med kopiranjem zgodi dostop do podatkov (spletni brskalnik je ostal odprt, WebSVN in podobno), bo varnostna kopija neuporabna.

Priporočen način je uporaba ukaza

svnadmin hotcopy pot/do/skladišča pot/do/varnostne/kopije --clean-logs

S tem naredite kopijo skladišča na varen način. Potem naredite varnostno kopije kopije. Stikalo --clean-logs ni potrebno, vendar odstrani vse odvečne datoteke za logiranje, ko naredite varnostno kopijo skladišča BDB, s čemer lahko prihranite nekaj prostora.

Orodje svnadmin se namesti samodejno ob namestitvi odjemalca Subversion za ukazno vrstico. Če nameščate odjemalca za ukazno vrstico na operacijskem sistemu Windows, je najbolje, da si prenesete namestitveni program. Stisnjen je bolj učinkovito kot različica .zip, tako da je prenos hitrejši, poleg tega pa namesto vas opravi nastavitve. Najnovejša različica odjemalca Subversion za ukazno vrstico se nahaja na naslovu http://subversion.apache.org/getting.html.