TortoiseMerge ne prikazuje vam samo rzlike između fajlova ali vam i omogućava da rešite konflikte ili primenite izmene.

Ako ste u dva panela pregledu tada možete samo da uredite fajl u desnom panelu (Moj). Da primenite izmene u fajlu levo fajl (NJihov), desni-klik na izmenjenim linijama izaberite Kontekst meni → Koristi tekst blok „njihov“. Zatim izmene iz levog fajla su dodate u desni fajl.

Ponekad vi stavarno želite oba tekst bloka, i kontekst meni vam takođe to nudi Kontekst Meni → Koristite oba tekst bloka (ovo najpre) i Kontekst Meni → Koristite oba tekst bloka (ovo poslednje).

Možete takođe urediti izlazni fajl baš kao što želite u tekst uređivaču. Takve linije su označene koristeći olovku ikonu. Molim vas notirajte da želite uraditi bilo koju linija/blok-osnova izmenu opisanu gore, bolje je uraditi ovo pre nego počnete uređenje fajla jer postaje nemoguće da TortoiseMerge čuva odnose sa originalnim fajlovima.

Ako ste u tri panela pregledu (ponekad zvan pregled spajanja) možete samo urediti fajl u donjem pregledu (Spojen). Kao u dva panela pregledu, možete uraditi desni-klik na konfliktne linije ili izaberite Kontekst Meni → Koristite tekst blok od „njihov“ ili Kontekst Meni → Koristite tekst blok od „moj“. Uz to, ako želite oba bloka, možete izabrati Kontekst Meni → Koristite tekst blok od „mine“ pre „njihov“ ili Kontekst Meni → Koristite tekst blok od „njihov“ pre „moj“. Saglasno komandi koju ste izabrali izmene su korišćene u proizvedenom Spojenom fajlu.

Ponekad fajl će biti označen kao konfliktan u Subverziji, ali kada ga pregledate pomoću TortoiseMerge neće biti prikazanih konflikata. Ovo se može desiti zbog načina na koji ste rukovali razmacima. Ako izaberete da zanemarite linijski-završetak ili razmak izmene, te linije će biti označene koristeći Konflikt-Zanemaren ikone. Da se reši konflikt treba samo odabrati koju verziju da koristite.

Ponekad je konflikt suviše težak da se reši samo izborom NJihov i Moj i zahteva ručno uređenje. TortoiseMerge dozvoljava da jednostavno uradite izmene najpre vizualno a zatim da sačuvate fajl, ostavljajući samo teške izmene da se reše ručnim-uređenjem.