Tim Kemp fand im Jahr 2002, dass Subversion ein sehr gutes Versionskontrollsystem sei, aber es fehle eine gute grafische Oberfläche dazu. Die Idee einer Windows Shell-Integration wurde von dem Windows-Programm TortoiseCVS für das ältere CVS Versionskontrollsystem inspiriert.

Tim studierte den Quellcode von TortoiseCVS und benutzte diesen als Basis für TortoiseSVN. Er startete dann das Projekt, registrierte die Domäne tortoisesvn.org und stellte den Quellcode online zur Verfügung. Während dieser Zeit suchte Stefan Küng nach einem guten Versionskontrollsystem und fand Subversion und den Quellcode von TortoiseSVN. Da TortoiseSVN noch nicht für den normalen Gebrauch nutzbar war, fing er an, TortoiseSVN weiter zu entwickeln. Schon bald hatte er den größten Teil des Programmcodes neu geschrieben und fügte Funktionen und Befehle hinzu bis zu einem Punkt, wo von dem ursprünglichen Code nichts mehr übrig war.

Während Subversion immer stabiler wurde, zog es immer mehr Benutzer an, welche auch TortoiseSVN als ihren Subversion Client verwenden. Die Benutzerzahl wuchs schnell (und wächst täglich weiter). Zu dieser Zeit bot Lübbe Onken an, beim Design zu helfen und kreierte die Symbole und das Logo für TortoiseSVN. Er kümmert sich seitdem auch um die Webseite und das Übersetzungsmanagement.