En 2002, Tim Kemp se dio cuenta que Subversion era un sistema de control de versiones muy bueno, pero le faltaba un buen cliente GUI. La idea de tener un cliente de Subversion integrado en el shell de Windows se inspiró por el cliente similar que ya existía para CVS llamado TortoiseCVS.

Tim estudió el código fuente de TortoiseCVS y lo utilizó como base de TortoiseSVN. Entonces inició el proyecto, registró el dominio tortoisesvn.org y puso el código fuente en línea. Durante ese tiempo, Stefan Küng estaba buscando un sistema de control de versiones bueno y gratuito, y encontró Subversion y el código fuente de TortoiseSVN. Como TortoiseSVN todavía no estaba listo para usarse, se unió al proyecto y empezó a programar. Pronto reescribió la mayor parte del código existente y empezó a añadir comandos y características, hasta el punto de que no quedó nada del código original.

Según se fue estabilizando Subversion, atrajo más y más usuarios que también empezaron a utilizar TortoiseSVN como su cliente de Subversion. Los usuarios de TortoiseSVN se incrementaron rápidamente (y aún crecen día a día). Entonces Lübbe Onken se ofreció a ayudar con algunos iconos más vistosos y un logo para TortoiseSVN. Y también se encarga de la página web y de administrar las traducciones.