Terwijl wij aan TortoiseSVN werkten, kwamen we er achter dat als gebruikers ons patches met verbeteringen of oplossingen voor problemen voor het project stuurden, we veel werk hadden aan het verwerken van die patches. Vaak waren veel van die patches al achterhaald en konden deze niet meer toegepast worden voor het command line patchprogramma http://unxutils.sourceforge.net/, omdat we al weer verder hadden gewerkt met de bestanden in de patch dus al verschillende wijzigingen hadden doorgevoerd.

Dit was dan ook de belangrijkste reden waarom TortoiseSVN oorspronkelijk niet de optie TortoiseSVN → Create Patch had. We hadden liever dat gebruikers ons het hele bestand stuurden, omdat het daarmee makkelijker was om de patches toe te passen.

We brachten veel tijd op het internet door op zoek naar een GUI tool die bestanden kon patchen, maar het enige dat we ontdekten was dat zoiets niet bestond. Om een lang verhaal kort te maken: als niemand anders het maakt, dan schrijven we het zelf. En zo ontstond TortoiseMerge.

Omdat TortoiseSVN al gebruik maakt van de Subversion library, met ingebouwde 'diffing engine', was het heel logisch om deze te gebruiken, in plaats van de GNU diff.