TortoiseMerge はファイルの差分を 表示 するだけでなく、競合を解決したり変更を適用したりすることができます。

2画面表示の場合、右画面（Mine）のみ編集できます。左のファイル（Theirs）に変更を加えるには、変更する行で右クリックし、コンテキストメニュー → 「theirs」のテキストブロックを使用を選択してください。そうすれば、左のファイルからの変更が右のファイルに加えられます。

時には、両方のテキストブロックが必要になる場合があります。その場合は、 コンテキストメニュー → 両方のテキストブロックを使用（こちらを前にする） や コンテキストメニュー → 両方のテキストブロックを使用（こちらを後にする） を使用してください。

また、テキストエディターのように出力ファイルを編集することもできます。その行は鉛筆アイコンで印がつけられます。なお、前述の行/ブロックベースの変更を行うつもりなら、編集する前に行っておいた方がよいでしょう。編集してしまうと、TortoiseMerge が オリジナルファイルとの関連を追跡できなくなります。

3画面表示（ マージビュー とも呼ばれる）の場合、下画面にあるファイル（マージ後）のみ編集できます。2画面表示と同様に、競合した行で 右クリック し、 コンテキストメニュー → 「theirs」のテキストブロックを使用 と コンテキストメニュー → 「mine」のテキストブロックを使用 のどちらかを選択してください。さらに両方のブロックを使用したい場合は、 コンテキストメニュー → 「theirs」の前に「mine」のテキストブロックを使用 と コンテキストメニュー → 「mine」の前に「theirs」のテキストブロックを使用 のどちらかを選択してください。選択したコマンドの結果が、マージ後ファイルに反映されます。

時には、TortoiseMerge では競合していないのに、Subversion で競合が発生したと印がつけられることがあります。これは、選択した空白の扱いによるものかもしれません。行末や空白の変更を無視するようにした場合、その行は 競合無視 アイコンを用いて印がつけられます。競合を解決するために、どのバージョンを採用するか選択する必要があります。