Wanneer TortoiseMerge start zonder commando regel argumenten dan moet het bestand handmatig worden geopend, volgens → .
Het eerste dat je moet doen is beslissen of je alleen bestanden wilt vergelijken/samenvoegen, of een patch toepassen op een bestand. Afhankelijk van de keuze, worden de corresponderende tekstvensters en bladerknoppen geactiveerd.
Voor het vergelijken en samenvoegen van bestanden, moeten er tenminste twee van de drie paden ingesteld zijn voor Base, Mine en Theirs. Als er maar twee bestanden geselecteerd zijn, zal TortoiseMerge de verschillen van die twee bestanden laten zien in één of twee vensters.
Voor het samenvoegen van drie bestanden, zal TortoiseMerge de verschillen laten zien in drie vensters. Deze weergave wordt normaal gesproken gebruikt bij het oplossen van conflicten. Het doel bestand wordt in dit geval niet aangegeven. Om de resultaten op te slaan moet de functie → gebruikt worden.