Pada tahun 2002. Tim Kemp menemukan bahwa Subversion adalah sistem kendali versi, tapi masih buruk dalam hal GUI klien. Ide dari Subversion klien sebagai integrasi dari shell Windows yang terinspirasi dari klien yang sama pada CVS bernama TortoiseCVS. Tim mempelajari kode sumber yang ada pada TortoiseCVS dan menggunakannya sebagai dasar dari TortoiseSVN. Beliau kemudian memulai proyeknya, mendaftarkan domain tortoisesvn.org dan meletakkan kode sumber itu secara online.

Pada saat itu, Stefan Küng sedang mencari sistem kontrol versi yang baik serta bebas dan Subversion pun ditemukan berikut sumber untuk TortoiseSVN. Karena TortoiseSVN masih belum siap untuk digunakan, ia bergabung dengan proyek ini dan mulai pemrograman. Dia segera menulis ulang sebagian besar kode yang sudah ada dan mulai menambahkan perintah dan fitur, sampai ke titik di mana tidak ada dari kode asli yang tersisa.

Setelah Subversion lebih stabil dan menarik lebih banyak lagi pengguna yang juga mulai menggunakan TortoiseSVN sebagai klien Subversion mereka. Basis pengguna tumbuh dengan cepat (dan tetap berkembang tiap harinya). Saat itulah Lübbe Onken menawarkan untuk membantu dengan beberapa ikon yang bagus dan sebuah logo untuk TortoiseSVN. Sekarang beliau meemelihara dan mengatur banyak sekali terjemahan.

With time, other version control systems all got their own Tortoise client which caused a problem with the icon overlays in Explorer: the number of such overlays is limited and even one Tortoise client can easily exceed that limit. That's when Stefan Küng implemented the TortoiseOverlays component which allows all Tortoise clients to use the same icon overlays. Now all open source Tortoise clients and even some non-Tortoise clients use that shared component.