どのタイプのリポジトリを使用する場合でも、定期バックアップの保守作業を行い、バックアップを検査することは非常に重要です。サーバーを破損すると、最新のバージョンのファイルにはアクセスできるかもしれませんが、リポジトリがなければ履歴が永遠に失われてしまいます。
一番単純な(ただしおすすめできない)方法は、単純にリポジトリのフォルダーをバックアップ領域にコピーすることです。しかし、データにアクセス中の別のプログラムが一切ないことを確認しておく必要があります。ここでいうアクセスとはすべてのアクセスを意味します。もしコピー中にリポジトリにアクセス(Webブラウザーが開かれている、WebSVNなど)があると、バックアップしたデータは不正になります。
おすすめは
svnadmin hotcopy path/to/repository path/to/backup
を実行して安全にリポジトリーのコピーを作成する方法です。その後、コピーしたものをバックアップします。
svnadmin は Subversion コマンドラインクライアントのインストール時に自動でインストールされます。TortoiseSVN のインストール時にこの項目をチェックすることで簡単にインストールできます。Subversion のウェブサイトから直接最新のコマンドラインツールをダウンロードすることもできます。