W 2002 roku Tim Kemp stwierdził, że Subversion to bardzo dobry system kontroli wersji, ale brakuje mu dobrego klienta GUI. Pomysł na klienta Subversion jako integrację powłoki systemu Windows został zainspirowany podobnym klientem CVS o nazwie TortoiseCVS. Tim przestudiował kod źródłowy TortoiseCVS i wykorzystał go jako bazę TortoiseSVN. Potem rozpoczął projekt, zarejestrował domenę tortoisesvn.org i umieścił w Internecie kod źródłowy.

W tym czasie Stefan Küng poszukiwał dobrego i bezpłatnego systemu kontroli wersji i znalazł Subversion oraz źródła TortoiseSVN. Ponieważ TortoiseSVN nie był jeszcze gotowy do użytku, przystąpił do projektu i zaczął programowanie. Wkrótce przepisał większość istniejącego kodu i dodał polecenia i funkcje, aż do punktu, w którym nie pozostało nic z oryginalnego kodu.

Podczas gdy Subversion stawał się bardziej stabilny, przyciągał coraz więcej użytkowników, którzy zaczęli również używać TortoiseSVN jako klienta Subversion. Baza użytkowników rosła szybko (i wciąż rośnie każdego dnia). Wtedy Lübbe Onken zaoferował pomoc dodając zestaw ładnych ikon i logo TortoiseSVN. Obecnie zajmuje się on witryną i zarządza wieloma tłumaczeniami.

Z czasem wszystkie te systemy kontroli wersji mając własne klienty Tortoise powodowały problemy z nakładkami ikon w Eksploratorze: liczba takich nakładek jest ograniczona i nawet jeden klient Tortoise może z łatwością przekroczyć to ograniczenie. To wtedy Stefan Küng zaimplementował komponent TortoiseOverlays pozwalający wszystkim klientom Tortoise używać tych samych nakładek ikon. Teraz wszystkie otwartoźródłowe klienty Tortoise a nawet niektóre klienty nie-Tortoise używają tego współdzielonego komponentu.