В 2002 году Тим Кемп (Tim Kemp) обнаружил, что Subversion - очень хорошая система управления версиями, но ей не хватает хорошего клиента с графическим интерфейсом. Идея реализации клиента Subversion как расширения оболочки Windows была навеяна похожим клиентом для системы CVS, TortoiseCVS. Тим изучил исходный код TortoiseCVS и использовал его как основу для TortoiseSVN. Потом он основал проект, зарегистрировал сайт tortoisesvn.org и выложил исходный код в Интернет.

В это время Стефан Кунг (Stefan Küng) искал хорошую и бесплатную систему управления версиями, и обнаружил Subversion и исходный код TortoiseSVN. Поскольку TortoiseSVN всё ещё было невозможно использовать, он присоединился к проекту и начал программировать. Вскоре он переписал большинство существующего кода и начал добавлять команды и новые возможности, пока ничего из первоначального кода не осталось.

Со временем Subversion становилась всё более стабильной и привлекала всё больше и больше пользователей, которые начинали использовать TortoiseSVN для доступа к Subversion. Число пользователей быстро росло (и продолжает расти каждый день). Именно тогда Люббе Онкен (Lübbe Onken) предложил помощь в создании некоторых симпатичных значков и логотипа для TortoiseSVN. Он также взял на себя заботу о веб-сайте и стал руководить переводами.

Со временем другие системы управления версиями получили свои собственные Tortoise-клиенты, что привело к проблеме с оверлейными иконками в проводнике: количество таких оверлеев ограничено и даже один Tortoise-клиент легко может превысить этот лимит. Тогда Stefan Küng реализовал компонент TortoiseOverlays, который позволяет всем Tortoise-клиентам использовать одни и те же оверлейные иконки. Теперь все Tortoise-клиенты с открытым исходным кодом и даже некоторые не Tortoise-клиенты используют этот общедоступный компонент.