TortoiseMerge ei vain näytä tiedostojen välisiä eroja, vaan sallii myös ristiriitojen selvittämisen tai muuttuneiden kohtien ottamisen käyttöön.

Ollessasi kahden paneelin näkymässä voit muokata vain oikeassa paneelissa olevaa tiedostoa (Minun) . Ottaaksesi käyttöön muutokset vasemmassa paneelissa (Heidän) näytetystä tiedostosta, oikea-napsauta muuttuneita rivejä ja valitse Kontekstivalikko → Käytä 'heidän' tekstilohkonsa. Silloin vasemman tiedoston muutokset lisätään oikeaan tiedostoon.

Joskus tarvitaan oikeastaan molemmat tekstilohkot, ja kontekstivalikossa on toiminto Kontekstivalikko → Käytä molemmat tekstilohkot (tämä ensin) ja Kontekstivalikko → Käytä molemmat tekstilohkot (tämä viimeiseksi).

Voit myös muokata tulostiedostoa samaan tapaan kuin normaalilla tekstieditorilla. Tällaiset rivit merkitään kynäkuvakkeella. Huomaa, että jos haluat suorittaa jonkun yllä kuvatuista rivi/lohkomuutoksista, se kannattaa tehdä ensin, koska muokattuasi itse tekstiä TortoiseMerge ei enää muista sen suhdetta alkuperäisiin tiedostoihin.

Kolmen paneelin näkymässä (jota joskus kutsutaan yhdistämisnäkymäksi) voit muokata vain alimmassa paneelissa olevaa tiedostoa (Yhdistetty). Kuten kahden paneelin näkymässä, voit oikea-napsauttaa ristiriidassa olevia rivejä ja joko valita Kontekstivalikko → Käytä 'heidän' tekstilohkonsa tai Kontekstivalikko → Käytä 'minun' tekstilohkoni. Jos haluat molemmat tekstilohkot, voit myös valita Kontekstivalikko → Käytä 'minun' tekstilohkoni ennen 'heidän' tai Kontekstivalikko → Käytä 'heidän' tekstilohkonsa ennen 'minun' tekstilohkoani. Muutokset tehdään tiedostoon Yhdistetty.

Joskus Subversion merkitsee tiedoston ristiriitaiseksi, mutta katsoessasi sitä TortoiseMergellä ristiriitoja ei löydy. Tämä saattaa johtua valitsemastasi tyhjämerkkien käsittelytavasta. Jos päätät ohittaa rivinlopputyyli- tai tyhjämerkkien muutokset, tällaiset rivit merkitään Ohitettu ristiriita-kuvakkeella. Ratkaistaksesi ristiriidan sinun on silti valittava, mitä versiota haluat käyttää.