Kun käynnistät TortoiseMergen ilman komentorivivalitsimia, sinun pitää avata tiedostot käyttäen komentoa → .
Aivan aluksi sinun pitää tietää, haluatko vain verrata/yhdistää tiedostoja, vai haluatko käyttää paikkatiedostoa. Valinnastasi riippuen vastaavat painikkeet ja editointikentät aktivoidaan.
Jos haluat verrata tai yhdistää tiedostoja, sinun täytyy antaa ainakin kaksi kolmesta mahdollisesta tiedostosta Kanta, Minun ja Heidän. Jos annat vain kaksi tiedostoa, TortoiseMerge näyttää erot niiden välillä käyttäen yhden tai kahden paneelin näkymää.
Jos haluat yhdistää kolme tiedostoa, TortoiseMerge näyttää erot käyttäen kolmea paneelia. Tätä näkymää käytetään yleensä ristiriitojen ratkaisemiseen. Tulostiedostoa ei ole tässä tapauksessa nimetty, ja sinun tylee käyttää komentoa → tallettaaksesi tulokset.