TortoiseMerge heeft meerdere functies:
Het bekijken van verschillen tussen twee bestanden en het samenvoegen in één van deze, of het verwijderen van ongewenste wijzigingen.
Verwerken van conflicten tussen lokale wijzigingen en wijzigingen in het Subversion archief.
Applying patch files and reviewing them.
In deze modus vergelijk je twee bestanden. Het bestand in het linker venster wordt verondersteld als het originele bestand (soms ook aangegeven als Theirs, hun bestand), en het bestand in het rechter venster is het bijgewerkte bestand (soms aangegeven als Mine, mijn bestand).
In het rechter venster kunnen simpele wijzigingen gemaakt worden, zoals:
Wijzigingen ongedaan maken en tekst herstellen zoals in het linker scherm.
Gebruikmaken van een combinatie van beide blokken, Theirs toepassen voor Mine of Mine toepassen voor Theirs.
Het is ook mogelijk om het bestand in het rechter venster te bewerken zoals in een gewone teksteditor. Deze regels worden aangegeven met een potlood icoon. Hou er rekening mee dat het verstandig is om eerst de regel/blokwijzigingen, zoals boven omschreven, door te voeren. Zodra je zelf het bestand begint te bewerken, wordt het voor TortoiseMerge onmogelijk om de relaties met de originele bestanden bij te houden.