TortoiseMerge ma wiele różnych zastosowań:
Przeglądanie różnic między dwoma plikami i scalanie zmian w jednym z nich, lub usunięcie niepożądanych zmian.
Edytowanie konfliktów między zmianami lokalnymi oraz w repozytorium Subversion po aktualizacji.
Stosowanie plików łatek i ich przeglądanie.
W tym trybie porównuje się dwa pliki. Plik w lewym panelu jest uważany za oryginalny plik (czasem określane jako Ich, a plik w prawym panelu jest zmodyfikowany plik (czasem określany jako Mój.
Można dokonać prostej zmiany bazującej na linii w pliku w prawym widoku, co obejmuje:
Przywracanie zmienionych wierszy z powrotem na tekst znajdujący się w lewym widoku.
Za pomocą kombinacji obu bloków, albo Ich przed Moim lub Mój przed Ich.
Można także edytować plik w prawym okienku tak jak w edytorze tekstu. Takie linie są oznaczone za pomocą ikony ołówka. Pamiętajcie, że jeśli chcecie utworzyć którąkolwiek z bazujących na linii/bloku zmian opisanych powyżej, lepiej jest zrobić te pierwsze od razu gdyż jeśli już rozpocznie się edycję samego pliku, śledzenie relacji do oryginalnych plików stanie się niemożliwe dla TortoiseMerge.