При запуске TortoiseMerge без указания параметров в командной строке вам надо будет открыть файлы вручную, используя → .
Первое, что вы должны сделать - решить, желаете ли вы только сравнить/слить файлы, или же вы хотите применить заплатку. В зависимости от того, что вы выберите, станут доступны соответствующие поля ввода и кнопки обзора.
Если вы желаете сравнить/слить файлы, вам надо задать по крайней мере два из трёх возможных путей к базовому, моему и их файлам. Если вы выберите только два файла, то TortoiseMerge покажет различия между этими двумя файлами или в двухпанельном, или в однопанельном.
Если вы желаете слить три файла, TortoiseMerge покажет различия в трёхпанельном виде. Этот вид обычно используется, когда вы улаживаете конфликты в файлах. Выходной файл в этом случае не имеет названия и вам необходимо использовать → для сохранения результата.