Če TortoiseMerge zaženete brez parametrov ukazne vrstice, morate datoteke odpreti ročno z uporabo ukaza → .
Najprej se morate odločiti, ali želite samo primerjati/spajati datoteke, ali pa želite uporabiti datoteko popravkov. Vnosna polja in gumbi za brskanje se aktivirajo v skladu z vašo izbiro.
Če želite primerjati/spajati datoteke, morate nastaviti vsaj dve od treh možnih poti za osnovno, vašo and njihovo datoteko. Če izberete le dve datoteki, vam TortoiseMerge pokaže razlike med datotekama - v enodelnem ali dvodelnem pogledu.
Če želite spojiti tri datoteke, vam TortoiseMerge pokaže razlike v tridelnem pogledu. Ta pogled se v večini primerov uporablja za reševanje sporov. Izhodna datoteka je v tem primeru brez imena, tako da boste rezultat spajanja morali sami shraniti z ukazom → .