Када покренете ТортоисеМерге без било ког командног прекидача морате отворити фалове ручно, користећи → .
Прва ствар коју имате да урадите је да одлучите да ли само желите да упоредите/стопите фајлове, или да ли желите да употребите фајл закрпу. У зависности шта изаберете одговарајући едит боксови и дугмићи за претраживање се активирају.
Ако желите упореди/стопи фајлове имате да подесите најмање две од три могуће путање за Основа, Мој и Њихов. Ако изаберете само два фајла, тада ТортоисеМерге приказује разлике између тих фајлова, или у два панела прегледу или у један панел погледу.
Ако желите да стопите три фајла, ТортоисеМерге ће приказати разлике у три панела прегледу. Овај преглед је генерално коришћен ако вам је потребно да решите конфликтне фајлове. Излазни фајл није именован у овом случају и преостаје вам да користите → . да сачувате резултат.