En 2002, Tim Kemp se dio cuenta que Subversion era un sistema de control de versiones muy bueno, pero le faltaba un buen cliente GUI. La idea de tener un cliente de Subversion integrado en la consola de Windows fue inspirada por un cliente similar para CVS llamado TortoiseCVS. Tim estudió el código fuente de TortoiseCVS y lo utilizó como base de TortoiseSVN. Entonces inició el proyecto, registró el dominio tortoisesvn.org y puso el código fuente en línea.

Durante ese tiempo, Stefan Küng estaba buscando un sistema de control de versiones bueno y gratuito, y encontró Subversion y el código fuente de TortoiseSVN. Como TortoiseSVN todavía no estaba listo para usarse, se unió al proyecto y empezó a programar. Pronto reescribió la mayor parte del código existente y empezó a añadir comandos y características, hasta el punto en que no quedó nada del código original.

Según se fue estabilizando Subversion, atrajo más y más usuarios que también empezaron a utilizar TortoiseSVN como su cliente de Subversion. La base de usuarios de TortoiseSVN se incrementó rápidamente (y aún lo hace cada día). Entonces Lübbe Onken se ofreció a ayudar con algunos íconos más vistosos y un logo para TortoiseSVN. Él se encarga ahora de la página web y de administrar las muchas traducciones.

Con el tiempo, otros sistemas de control de versiones tienen su propio cliente Tortoise que cuasaron un problema de superposiciones con el icono en el navegador: el número de tales superposiciones es limitada e incluso un cliente Tortoise puede fácilmente superar dicho límite. Fue entonces cuando Stefan Küng implementa el componente TortoiseOverlays que permite a todos los clientes Tortoise que utilizan los mismos sobreimpresionados. de icono Ahora todos los clientes, Tortoise e incluso algunos clientes que no son Tortoise usan este componente compartidos.