Em 2002, Tim Kemp achou que o Subversion era um sistema de controle de versão muito bom mas que faltava uma boa interface gráfica GUI. A idéia para um programa cliente do Subversion integrado ao shell do Windows foi inpirado num programa similar para CVS de nome TortoiseCVS. Tim estudou o código fonte do TortoiseCVS e o usou como base para o TortoiseSVN. Ele então começou o projeto, registrando o domínio tortoisesvn.org e colocando o código fonte online.

Por volta daquela época, Stefan Küng estava procurando por um bom e gratuito sistema de controle de versão, encontrando assim o Subversion e o código do TortoiseSVN. Como o TortoiseSVN ainda não estava pronto para o uso, ele se juntou ao projeto e começou a programar. Ele, em pouco tempo, reescreveu grande parte do código existente e começou a adicionar comandos e features, até o ponto em que nada do código original restou.

À medida que o Subversion se tornou mais estável, mais e mais usuários foram atraídos, os quais também começaram a usar o TortoiseSVN como seu programa cliente Subversion. A base de usuários cresceu rapidamente (e ainda está crescendo todos os dias). Foi então que Lübbe Onken ofereceu ajuda com alguns belos ícones e a logomarca para o TortoiseSVN. Ele agora toma conta do website e administra muitas traduções.

Com o tempo, outros sistemas de controle de versão ganharam seus próprios clientes do Tortoise, o que passou a causar um problema com a sobreposição de ícones (icon overlays) no Windows Explorer: o número de sobreposições é limitado e mesmo um único cliente do Tortoise pode facilmente exceder esse limite. É quando Stefan Küng implementou o componente TortoiseOverlays, que permite a todos os clientes Tortoise usarem as mesmas sobreposições de ícones. Agora, todos os clientes open-source do Tortoise e mesmo alguns não-Tortoise usam esse componente compartilhado.