Если у вас есть рабочая копия, которая больше не нужна, то как избавится от неё начисто? Просто — удалите её в проводнике Windows! Рабочие копии — это частные локальные объекты, и они самодостаточны. Удаление рабочей копии в проводнике Windows совсем не влияет на данные в хранилище.