TortoiseMerge は次のような様々な用途に使用できます。
２つのファイルの差分を表示し、変更点をマージしたり、不要な変更を削除したりすることができます。
ローカルな変更と、更新で取得した Subversion のリポジトリにある変更との競合の編集を行うことができます。
パッチを適用し、結果をレビューします。
このモードでは、２つのファイルを比較できます。左画面のファイルはオリジナルファイル（Theirs とも呼ばれる）として扱われ、右画面のファイルは変更後のファイル（Mine とも呼ばれる）として扱います。
右画面にあるファイルに対しては、単なる行単位の変更に加え、次のような操作を行うことができます。
変更された行を、左画面に表示されているテキストに戻す。
Mine の前に Theirs を配置したり、 Theirs の前に Mine を配置したりして、両方のブロックを結合する。
また、右画面のファイルはテキストエディターのように編集することもできます。その行は鉛筆アイコンで印がつけられます。なお、前述の行単位やブロック単位の変更を行うつもりなら、編集する前に行っておく方がよいでしょう。編集してしまうと、 TortoiseMerge が オリジナルファイルとの関連を追跡できなくなります。