TortoiseMerge nie tylko pokazuje różnice między plikami, ale także pozwala rozwiązać konflikty lub wprowadzać zmiany.

W dwupanelowym widoku można edytować tylko plik w prawym panelu (Mój). Aby zastosować zmiany wprowadzone w lewym pliku (Ich), kliknijcie prawym przyciskiem myszy na zmienianej linii i wybierzcie menu kontekstowe → Użyj bloku tekstu z 'ich' . Następnie zmiany z lewego pliku są dodawane do prawego pliku.

Czasami rzeczywiście chcecie obu bloków tekstu zatem menu kontekstowe oferuje również Menu kontekstowe → Użyj obu bloków tekstu (ten jako pierwszy) i Menu kontekstowe → Użyj obu bloków tekstu (ten jako ostatni).

Można także edytować plik wynikowy tak jak w edytorze tekstu. Takie linie są oznaczone za pomocą ikony ołówka. Pamiętajcie, że jeśli chcecie wykonać którąkolwiek ze zmian linii/bloku opisanych powyżej, lepiej jest zrobić je zanim zacznie się ręczną pliku, gdyż TortoiseMerge nie będzie w stanie śledzić relacji do oryginalnych plików.

W trójpanelowym widoku (czasami nazywanym widokiem scalenia) można edytować tylko plik w panelu u dołu (Scalony). W dwupanelowym widoku można kliknąć prawym przyciskiem myszy na niespójnych liniach i albo wybrać Menu kontekstowe → Użyj bloku tekstu z 'ich' albo Menu kontekstowe → Użyj bloku tekstu z 'mój'. Ponadto, jeśli chcecie obu bloków, można wybrać Menu kontekstowe → Użyj bloku tekstu z 'mój' przed 'ich' lub Menu kontekstowe → Użyj bloku tekstu z 'ich' przed 'mój'. Zgodnie z wybranym poleceniem, zmiany są stosowane w wynikowym Scalonym pliku.

Czasami plik zostanie oznaczony jako w stanie konfliktu w Subversion, ale podczas przeglądania go za pomocą TortoiseMerge nie ma pokazanych żadnych konfliktów. Może to być spowodowane wybraną obsługą białych znaków. Jeśli zignorujecie zmiany znaków końca linii lub białych znaków, te linie będą oznaczone za pomocą ikony Konflict-zignorowany. Aby rozwiązać ten konflikt trzeba ciągle wybrać, której wersji chcecie użyć.