Po uruchomieniu TortoiseMerge bez przełączników linii poleceń, należy otworzyć pliki ręcznie, za pomocą → .
Pierwszą rzeczą, którą należy zrobić, to zdecydować, czy potrzeba po prostu porównać/scalić pliki, czy chcecie zastosować plik poprawki. W zależności od dokonanego wyboru, stają się aktywne odpowiednie pola edycji i przyciski przeglądania.
Jeśli chcecie porównać / scalić pliki musicie wybrać co najmniej dwie z trzech możliwych ścieżek do bazowego, mojego i ich. Jeśli wybierzecie tylko dwa pliki, to TortoiseMerge pokaże różnice między tymi dwoma plikami, albo w widoku dwdwupanelowym albo w jednopanelowym.
Jeśli należy scalić trzy pliki, TortoiseMerge pokaże różnice w trójpanelowym widoku. Widok ten jest powszechnie stosowany, jeśli trzeba rozwiązać konflikt plików. Plik wyjściowy nie jest w tym przypadku wymieniony i trzeba będzie użyć → , aby zapisać wyniki.