TortoiseMerge má niekoľko rôznych použití:
Prezeranie rozdielov medzi dvoma súbormi a zlúčenie zmien do jedného z nich alebo odstránenie nežiadúcich zmien.
Úpravy konfliktov medzi lokálnymi zmenami a zmenami v úložisku Subversion po aktualizácii.
Uplatňovanie súborov opravných záplat a ich posúdenie.
V tomto režime porovnávate dva súbory. Súbor v ľavej časti okna sa považuje za pôvodný súbor (niekedy označovaný akoich a súbor v pravej časti okna je upravený súbor (niekedy označovaný ako moje.
V pravom paneli súboru môžete vykonať jednoduché lineárne zmeny, ktoré zahŕňajú:
Vrátenie zmenených riadkov späť na text zobrazený v ľavom paneli.
Použitie kombinácie oboch blokov ich pred môj alebo môj pred ich.
Môžete tiež upraviť súbor na pravom paneli rovnako ako v textovom editore. Takéto riadky sú označené pomocou ikony ceruzky. Upozorňujeme, že ak chcete vykonať ktorékoľvek z vyššie opísaných riadkových/blokových zmien, je lepšie ich najskôr vykonať, pretože akonáhle začnete súbor sami upravovať, bude pre TortoiseMerge nemožné sledovať vzťah k pôvodným súborom.