Keď spustíte TortoiseMerge bez akýchkoľvek prepínačov príkazového riadku, musíte súbory otvoriť manuálne použitím → .
Prvá vec, ktorú musíte urobiť, je rozhodnúť sa, či chcete iba porovnať/zlúčiť súbory, alebo či chcete použiť súbor opravnej záplatyy. Podľa toho, čo si vyberiete, sa aktivujú príslušné editačné polia a tlačidlá prehľadávania.
Ak chcete porovnávať/zlúčiť súbory, musíte nastaviť aspoň dve z troch možných ciest BASE, moje a ich. Ak vyberiete iba dva súbory, TortoiseMerge vám ukáže rozdiely medzi týmito dvoma súbormi a to buď v dvojpanelovom zobrazení, alebo v jednopanelovom zobrazení.
Ak chcete zlúčiť tri súbory, TortoiseMerge vám ukáže rozdiely v trojpanelovom zobrazení. Toto zobrazenie sa zvyčajne používa, ak potrebujete vyriešiť konfliktné súbory. Výstupný súbor nie je v tomto prípade pomenovaný a budete musieť použiť → pre uloženie výsledkov.