Kada pokrenete TortoiseMerge bez bilo kog komandnog prekidača morate otvoriti falove ručno, koristeći → .
Prva stvar koju imate da uradite je da odlučite da li samo želite da uporedite/stopite fajlove, ili da li želite da upotrebite fajl zakrpu. U zavisnosti šta izaberete odgovarajući edit boksovi i dugmići za pretraživanje se aktiviraju.
Ako želite uporedi/stopi fajlove imate da podesite najmanje dve od tri moguće putanje za Osnova, Moj i NJihov. Ako izaberete samo dva fajla, tada TortoiseMerge prikazuje razlike između tih fajlova, ili u dva panela pregledu ili u jedan panel pogledu.
Ako želite da stopite tri fajla, TortoiseMerge će prikazati razlike u tri panela pregledu. Ovaj pregled je generalno korišćen ako vam je potrebno da rešite konfliktne fajlove. Izlazni fajl nije imenovan u ovom slučaju i preostaje vam da koristite → . da sačuvate rezultat.