V roce 2002 Tim Kemp zjistil, že Subversion je velmi dobrý systém pro správu verzí, ale postrádá dobrého GUI klienta. Myšlenka pro klienta Subversion jako integraci do rozhraní Windows brala inspiraci z podobného klienta pro CVS jménem TortoiseCVS. Tim zkoumal zdrojový kód TortoiseCVS a použil ho jako základ pro TortoiseSVN. Pak založil projekt, zaregistroval doménu tortoisesvn.org a dal zdrojový kód online.

Během té doby, Stefan Küng hledal dobrý a svobodný systém správy verzí a nalezl Subversion a zdroj pro TortoiseSVN. Vzhledem k tomu, že TortoiseSVN nebyl v té době ještě připraven k použití, se brzy připojil k projektu a začal programovat. Zanedlouho přepsal většinu stávajícího kódu a začal přidávat příkazy a funkce, až do bodu, kdy nic z původního kódu nezůstalo.

Jak se Subversion stával stabilnějším, přitahoval více a více uživatelů, kteří také začali používat TortoiseSVN jako jejich klienta Subversion. Uživatelská základna rychle rostla (a stále roste každý den). V tu dobu Lubbe Onken nabídl svoji pomoc a vytvořil překrásné ikony a logo pro TortoiseSVN. V současnosti se stará o webové stránky a správu překladů.

Postupem času ostatní systémy pro správu verzí vytvořily své vlastní klienty Tortoise, což způsobilo problém s překryvnými ikonami v Průzkumníku: počet takovýchto překryvů je omezený a i jeden klient ho může snadno překročit. Proto Stefan Küng zavedl komponentu TortoiseOverlays umožňující všem klientům Tortoise používat stejné překryvné ikony. V současnosti všichni svobodní klienti Tortoise a i někteří další používají tuto sdílenou komponentu.