Vuonna 2002 Tim Kemp päätti luoda graafisen käyttöliittymän Subversion-ohjelmalle. Ajatus Subversion-asiakasohjelmasta Windowsin Resurssienhallinnan laajennoksena sai alkunsa saman tyyppisestä CVS-asiakasohjelmasta nimeltä TortoiseCVS. Tim tutki TortoiseCVS-lähdekoodia ja käytti sitä TortoiseSVN-ohjelman pohjana. Sittemmin hän käynnisti projektin, rekisteröi nimialueen tortoisesvn.org ja julkaisi lähdekoodin verkossa.

Samoihin aikoihin Stefan Küng etsiskeli hyvää ja ilmaista versionhallintajärjestelmää ja löysi Subversion- ja TortoiseSVN-ohjelmat. Koska TortoiseSVN ei ollut vielä valmis, hän liittyi projektiin ja alkoi parantaa sitä. Pian hän oli kirjoittanut suurimman osan olemassa olevasta koodista uudelleen ja alkoi lisätä ominaisuuksia siinä laajuudessa, että lopulta alkuperäisestä koodista ei ollut mitään jäljellä.

Subversionin tullessa vakaammaksi se alkoi kiinnostaa yhä useampia käyttäjiä, jotka myös ryhtyivät TortoiseSVN-käyttäjiksi. Käyttäjien joukko kasvoi voimakkaasti (ja kasvaa yhä päivittäin). Tässä vaiheessa Lübbe Onken tarjoutui auttamaan kuvakkeiden ja TortoiseSVN-logon suunnittelussa. Hän huolehtii nykyisin verkkosivustosta ja koordinoi käännöksiä eri kielille.

Ajan myötä muihin versionhallintajärjestelmiin toteutettiin niitä tukeva Tortoise-asiakas, mistä seurasi ongelma Resurssienhallinnan kuvakepäällysten kanssa: päällysten lukumäärä on rajallinen, joten se ylittyy helposti. Tästä syystä Stefan Küng toteutti TortoiseOverlays-komponentin, jonka avulla kaikki Tortoise-asiakkaat voivat käyttää samoja kuvakepäällyksiä. Tätä nykyä kaikki avoimen lähdekoodin Tortoise-asiakkaat ja jopa jotkut muut ohjelmat käyttävät jaettuja kuvakkeita.