En 2002, Tim Kemp a constaté que Subversion était un très bon système de contrôle de version, mais il lui manquait un bon client avec une interface graphique. L'idée d'un client Subversion intégré au shell de Windows a été inspirée par le client semblable pour CVS nommé TortoiseCVS. Tim étudia le code source de TortoiseCVS et l'utilisa comme base pour TortoiseSVN. Il commença alors le projet, enregistra le domaine tortoisesvn.org et mit le code source en ligne.

Pendant ce temps, Stefan Küng cherchait un bon système de contrôle de version gratuit et trouva Subversion et le source de TortoiseSVN. Puisque TortoiseSVN n'était toujours pas prêt à l'emploi, il a rejoint le projet et a commencé à programmer. Bientôt il a réécrit la plupart du code existant et a commencé à ajouter des commandes et des fonctionnalités, jusqu'au point où rien n'est resté du code original.

Au fur et à mesure que Subversion devenait plus stable, il a attiré de plus en plus d'utilisateurs qui ont aussi commencé à utiliser TortoiseSVN comme client Subversion. La base utilisateurs a grandi rapidement (et grandit toujours chaque jour). C'est à ce moment que Lübbe Onken s'est proposé d'aider avec des icônes agréables et un logo pour TortoiseSVN. Il s'occupe maintenant du site Web et gère les nombreuses traductions.

Au fil du temps, d'autres systèmes de contrôle de versions ont eu leur propre client Tortoise, ce qui a posé un problème avec l'Explorer : Le nombre de ces icônes superposées est limité, et même un seul client Tortoise peut facilement dépasser cette limite. C'est pourquoi Stefan Küng a implémenté le composant TortoiseOverlays, qui permet à tous les clients Tortoise d'utiliser les mêmes icônes superposées. Aujourd'hui tous les client Tortoise open source et même quelques clients en dehors de Tortoise partagent ce composant.