V roku 2002 Tim Kemp zistil, že Subversion je veľmi dobrý systém riadenia verzií, ale chýba mu dobrý klient GUI. Myšlienka klienta Subversion ako integrácie prostredia Windows bola inšpirovaná podobným klientom pre CVS s názvom TortoiseCVS. Tim študoval zdrojový kód TortoiseCVS a použil ho ako základ pre TortoiseSVN. Potom zahájil projekt, zaregistroval doménu tortoisesvn.org a dal zdrojový kód do režimu online.

V tom čase Stefan Küng hľadal dobrý a bezplatný systém riadenia verzií a našiel Subversion a zdroj pre TortoiseSVN. Pretože TortoiseSVN ešte nebol pripravený na použitie, zapojil sa do projektu a začal programovať. Čoskoro prepísal väčšinu existujúceho kódu a začal pridávať príkazy a funkcie, až do bodu, keď z pôvodného kódu nezostalo nič.

Keď sa Subversion stal stabilnejším, priťahoval čoraz viac používateľov, ktorí tiež začali používať TortoiseSVN ako svojho klienta Subversion. Užívateľská základňa sa rýchlo rozrastala (a stále rastie každým dňom). Vtedy sa Lübbe Onken ponúkol, že pomôže s peknými ikonami a logom pre TortoiseSVN. Teraz sa stará o webovú stránku a spravuje množstvo prekladov.

Postupom času všetky ostatné systémy na správu verzií dostali svojho vlastného klienta Tortoise, čo spôsobilo problém s prekrytiami ikon v Prieskumníkovi: počet takýchto prekrytí je obmedzený a dokonca jeden klient Tortoise môže tento limit ľahko prekročiť. Vtedy Stefan Küng implementoval komponent TortoiseOverlays, ktorý umožňuje všetkým klientom Tortoise používať rovnaké prekrytia ikon. Teraz používajú túto zdieľanú súčasť všetci klienti Tortoise s otvoreným zdrojom a dokonca aj niektorí iný klienti než Tortoise.