Když spustíte TortoiseMerge bez jakýchkoli přepínačů v příkazovém řádku pak musíte otevřít soubory ručně, použitím → .
První věc, kterou musíte udělat, je rozhodnout, zda chcete jen porovnat/slučovat soubory, nebo zda chcete použít záplatový soubor. V závislosti na tom, co si vyberete, budou aktivována odpovídající textová pole a tlačítka Procházet.
Pokud chcete porovnávat/slučovat soubory, musíte nastavit alespoň dvě ze tří možných cest pro Originál, Můj a Jejich. Zvolíte-li pouze dva soubory, pak TortoiseMerge Vám zobrazí rozdíly mezi těmito dvěma soubory a to buď ve dvou panelovém nebo v jedno panelovém zobrazení.
Pokud chcete sloučit tři soubory, TortoiseMerge Vám rozdíly ukáže ve tři panelovém zobrazení. Toto zobrazení je obecně používáno, pokud potřebujete vyřešit konfliktní soubory. Výstupní soubor není v tomto případě pojmenován a budete muset použít → pro uložení výsledků.