Cuando inicia TortoiseMerge sin ningún argumento en la línea de comandos tendrá que abrir los ficheros manualmente, utilizando → .
Lo primero que tiene que hacer es decidir si sólo quiere comparar/fusionar ficheros, o si quiere aplicar un fichero de parche. Dependiendo de su elección, se activan las casillas de texto y los botones de navegación correspondientes.
Si quiere comparar/fusionar ficheros necesita establecer al menos dos de las tres posibles rutas para Base, Mío and De otros. Si sólo selecciona dos ficheros, TortoiseMerge le mostrará las diferencias entre esos dos ficheros, en dos paneles o en un único panel.
Si quiere comparar/fusionar tres ficheros, TortoiseMerge le mostrará las diferencias en una vista de tres paneles. Esta vista se utiliza normalmente si necesita resolver ficheros en conflicto. El fichero de salida no se nombra en este caso y tendrá que utilizar → para guardar el resultado.