Em 2002, o Tim Kemp descobriu que o Subversion era um sistema de controlo de versões muito bom, mas faltava-lhe um bom cliente com interface gráfico (GUI). A ideia de um cliente para o Subversion com integração na shell do Windows foi inspirada pelo seu cliente similar para o CVS, o TortoiseCVS. O Tim estudou o código-fonte do TortoiseCVS e usou-o como base para o TortoiseSVN. Então ele arrancou com o projeto registando o domínio tortoisesvn.org e colocando o código-fonte disponível na Internet.

Por volta dessa altura o Stefan Küng andava à procura de um bom e gratuito sistema de controlo de versões, tendo encontrado o Subversion e o código-fonte para o TortoiseSVN. Visto que o TortoiseSVN ainda não estava pronto a usar, ele juntou-se ao projeto e começou a programar. Depressa refez a maior parte do código existente e começou a adicionar comandos e funcionalidades, até ao ponto em que já nada restava do código original.

À medida que o Subversion se tornou mais estável, atraiu mais e mais utilizadores que começaram a utilizar o TortoiseSVN como o seu cliente do Subversion. A base de utilizadores cresceu rapidamente (e continua a crescer a cada dia). Foi então quando Lübbe Onken ofereceu-se para ajudar com uns ícones atraentes, e um logótipo para o TortoiseSVN. Agora ele gere o sítio de Internet e também as traduções.

Com o tempo, todos os outros sistemas de controlo de versões obtiveram os seus clientes Tortoise o que causou um problema com a sobreposição dos ícones no Explorador : o número das sobreposições é limitado e mesmo um cliente Tortoise pode facilmente exceder esse limite. Foi então quando Stefan Küng implementou o componente TortoiseOverlays que permite que todos os clientes Tortoise usem a mesma sobreposição de ícones. Agora todos os clientes de código-fonte aberto Tortoise e mesmo alguns cliente não Tortoise usam esse componente partilhado.