Trong năm 2002, Tim Kemp thấy rằng Subversion là một hệ thống kiểm soát phiên bản rất tốt, nhưng nó thiếu một trình khách giao diện đồ họa tốt. Ý tưởng cho một chương trình khách Subversion là một tích hợp với Windows shell được lấy cảm hứng bởi các trình khách tương tự như CVS tên là TortoiseCVS. Tim nghiên cứu mã nguồn của TortoiseCVS và sử dụng nó như là một cơ sở cho TortoiseSVN. Sau đó, ông bắt đầu dự án, đăng ký tên miền tortoisesvn.org và đặt mã nguồn trực tuyến.

Trong khoảng thời gian đó, Stefan Kung đang tìm kiếm một hệ thống kiểm soát phiên bản tốt và miễn phí và tìm thấy Subversion và mã nguồn cho TortoiseSVN. Bởi vì TortoiseSVN vẫn chưa sẵn sàng để sử dụng, ông tham gia dự án và bắt đầu lập trình. Ông đã sớm viết lại hầu hết các mã hiện có và bắt đầu bổ sung thêm lệnh và các tính năng, đến một điểm mà không còn lại gì của mã ban đầu.

Lúc Subversion trở nên ổn định hơn, nó thu hút nhiều người dùng hơn và nhiều người cũng bắt đầu sử dụng TortoiseSVN làm trình khách Subversion của họ. Các cơ sở người dùng phát triển nhanh chóng (và vẫn đang phát triển mỗi ngày). Đó là khi Lübbe Onken đề nghị giúp đỡ với một số biểu tượng đẹp và lô gô cho TortoiseSVN. Hiện tại ông chăm lo trang web và quản lý nhiều bản dịch.

With time, other version control systems all got their own Tortoise client which caused a problem with the icon overlays in Explorer: the number of such overlays is limited and even one Tortoise client can easily exceed that limit. That's when Stefan Küng implemented the TortoiseOverlays component which allows all Tortoise clients to use the same icon overlays. Now all open source Tortoise clients and even some non-Tortoise clients use that shared component.